Historia przedstawiona w „Kochankowie z Księżyca” zabiera nas w nostalgiczną podróż do lat sześćdziesiątych. Akcja filmu rozgrywa się w Nowej Anglii i opowiada o przeżyciach małego skauta Sama i jego ukochanej Suzy, mola książkowego i buntowniczki.

Suzy ma trzech braci i oboje rodziców, lecz mimo to czuje się nieszczęśliwa i niezrozumiana. Jest rozczarowana świadomością, że jej matka ma romans, który ukrywa przed ojcem, osobą zagubioną, złamaną przez fałszywy, staroświecki model męskości. Rodzina Suzy powoli się rozpada przez widoczny brak komunikacji. W filmie przedstawiona jest też postać Sama. Jest on ciągle odrzucaną przez najbliższe otoczenie sierotą. Kiedyś został zaadoptowany przez rodzinę zastępczą, jednak ta również go porzuciła. Jego koledzy skauci uważają go za dziwaka zagrażającego ich stereotypowemu postrzeganiu świata. Przez wszystkie te aspekty rzeczywistości, które są nie do zniesienia, Sam i Suzy decydują się udać w podróż, poszukując schronienia i odpowiedzi na nurtujące ich pytania. I tak zaczyna się również nasza podróż z „Kochankami z Księżyca”.

Sam i Suzy wydają się być odizolowani od otaczającego ich świata, są bardzo przywiązani do własnych sposobów odczuwania rzeczywistości. Nawiązując do wypowiedzi Sama („Próbowałem nawiązywać przyjaźnie, ale mam wrażenie, że ludzie nie akceptują mojej osobowości”), można stwierdzić, że motyw indywidualizmu jest szczególnie intrygujący dla Wesa Andersona, reżysera filmu. Anderson wymaga od widza pewnej wrażliwości: jeśli nie jesteśmy zaznajomieni ze stylem reżysera, trudno jest w pełni zrozumieć perspektywę i motywację bohaterów. Wizja Andersona realizuje się chociażby w sposobie filmowania, to jest bardzo skrupulatnych, symetrycznych kompozycjach kadrów i rytmie opowiadanej historii. Anderson znany jest również dzięki zgłębianiu motywu dorastania i dojrzałości w swoich filmach. W filmie „Kochankowie z Księżyca” proces dorastania traktuje się jako proces przejścia, transformacji, umiejscowionej w nostalgicznej, utopijnej przestrzeni. Suzy i Sam spędzają dłuższą chwilę „odosobnieni” od rzeczywistości, przez co stają się spokojniejsi, pogodzeni z przeszłością. Nowe okoliczności dają im szansę do odtworzenia wizji wymarzonego świata. W filmie, w bardzo malowniczy sposób, zostaje ukazane, jak nasze oczekiwania i nadzieje ulegają zmianie po konfrontacji z rzeczywistością. Anderson oddaje to w bardzo przekonujący sposób.

Motyw seksualności obecny w filmie niewątpliwie przykuwa uwagę widza. Często mamy do czynienia z kontrowersjami, kiedy w filmie dochodzi do połączenia tematyki seksualności i dzieciństwa. Suzy wydaje się być swego rodzaju nimfetką, ze swoim znudzonym wyrazem twarzy i dojrzałym spojrzeniem przepełnionym rozczarowaniem. Pomimo prowokacyjności zawartej w konstrukcji postaci Suzy, sposób, w jaki pokazane jest seksualne przebudzenie, jest bardzo autentyczny i naturalny. Anderson nie próbuje zinfantylizować swoich bohaterów. Znacząca scena na plaży jest ukazana z humorem i szacunkiem, bez niepotrzebnego ośmieszania, które często pojawia się przy ukazywaniu seksualności młodych ludzi w czasach politycznej poprawności. Anderson zgrabnie balansuje między komizmem i nieporadnością dialogu pary dwunastolatków.

Również aspekt dojrzałości został pokazany w groteskowy sposób: dzieci wydają się być bardziej odpowiedzialne i szczere niż zmęczeni, pozbawieni złudzeń dorośli. Naprawdę trudno jest stwierdzić, kto w filmie jest rzeczywiście dojrzałą i rozsądną osobą. Postaciom odtwarzającym dorosłych ludzi brakuje empatii, mądrości życiowej i odpowiedzialności w radzeniu sobie z dziećmi. Zupełnie nie nadają się do tego, by być wzorem do naśladowania dla młodszego pokolenia, które wychowują. Mama Suzy nie traktuje poważnie emocji swojej córki. Są one raczej przeszkodą, ponieważ sama nie radzi sobie z własnymi uczuciami. Sam i Suzy są zmuszeni, by stać się przedwcześnie dojrzali, jakkolwiek ich niewinność i dziecięca szczerość są dalej widoczną częścią ich osobowości. Jest to zauważalne w scenie ślubu, potraktowanej przez nich bardzo poważnie. Mówiąc o zanikaniu granic między dzieciństwem i dorosłością, można przywołać postać kuzyna Bena, granego przez świetnego Jasona Schwartzmana. Jako przykładny dorosły, powinien potępić zachowanie Suzy i Sama i poinformować dowódcę obozu o planie ucieczki „kochanków z Księżyca”. Być może kuzyn Ben reprezentuje ten sam poziom dojrzałości co dzieci i próbuje wspierać ich idealistyczną wizję przyszłości, pomimo nieodpowiedzialności charakteryzującej ich plan. Sytuacja staje się jeszcze bardziej absurdalna, kiedy młody skaut wyraża zaniepokojenie przyszłością finansową świeżo poślubionej pary. Społeczna hierarchia zostaje groteskowo zaburzona, postacie pogrążone w swojej nieszkodliwej dziwności.

Film „Kochankowie z Księżyca” opowiada niekonwencjonalną, melancholijną historię o próbie ponownego odnalezienia sposobu postrzegania świata. To bajkowa narracja o tym, jak dwóch wrażliwych, młodych indywidualistów przeciera swoje szlaki przez trudny czas dorastania.